Comienza la carrera de periodismo, que abandona en 1987, cuando pasa a trabajar para Radio Nacional de España como locutora. Al poco tiempo empieza a redactar guiones, tarea que repetirá en la SER y en varios programas de televisión. Es en estos guiones donde ve la luz, por vez primera, el personaje de Manolito Gafotas. Animada por su marido, el escritor y académico Antonio Muñoz Molina, Elvira Lindo recoge estos guiones y les da forma de novela. Manolito Gafotas se publica en 1994 y es un éxito inmediato.
Además de los libros de Manolito Gafotas (ya va por el séptimo), Elvira Lindo ha publicado cinco libros de otro personaje, Olivia (una niña muy traviesa, cuyas aventuras van destinadas a un público de corta edad), novela adulta (El otro barrio y Algo más inesperado que la muerte) y hasta una obra de teatro (La ley de la selva). Desde su columna veraniega en El País ha caricaturizado su vida de intelectual 'progre', publicándose después las crónicas en forma de libros (Tinto de verano, El mundo es un pañuelo (Tinto de verano II) y Otro verano contigo). También se ha realizado una adaptación teatral de Manolito Gafotas, por parte de la compañía Ados Teatroa.

Además, Elvira Lindo ha escrito numerosos guiones cinematográficos: Ataque verbal, La primera noche de mi vida, El cielo abierto, la adaptación de Manolito Gafotas y la de Plenilunio, novela escrita por su marido. Suele formar tándem con el director Miguel Albadalejo, e incluso ha aparecido en algunas de sus películas. Su novela El otro barrio fue llevada al cine por Salvador García Ruiz en 2000. Ganadora del Premio Nacional de Literatura Juvenil en 1998, Elvira Lindo sigue colaborando asiduamente en el diario El País.